В мезодерме выделяется дорсальный участок, образующий сомиты, и вентральный, состоящий из двух листков спланхнотома, дающих начало стенке вторичной полости тела — целома. В месте соединения сомитов и листков спланхнотома выделяется еще один зачаток — нефротом, из которого формируется мочеполовая система. Сомит подразделяется на центральную часть — миотом, наружную — дерматом и внутреннюю — склеротом, которые в последующем развитии дают соответственно: поперечно-полосатую мускулатуру, соединительнотканную основу кожи, мезенхиму, формирующую разновидности тканей внутренней среды с механическими (кость, хрящ) и трофическими функциями.
Скелетные ткани головного отдела формируются из особого зачатка, выделяющегося из наружного листка. Из эктодермы развивается кожный эпителий и его производные. Внутренний листок — энтодерма, дает начало кишечному эпителию, эпителию печени, желудка и желез среднего отдела пищеварительного тракта. В энтодерме закладываются и первичные половые клетки, которые затем мигрируют в кровяное русло и оседают в определенных участках целомического эпителия, где образуются половые железы. Сложную миграцию претерпевают и клетки других зачатков,   в   частности   пигментные   клетки и часть нервных клеток.